HPC klaszter házirend

  1. Az HPC klaszter használóinak el kell fogadniuk a A Nemzeti Információs Infrastruktúra Fejlesztési Program (NIIF) Felhasználói Szabályzatát (AUP, http://www.niif.hu/niif_intezet/aup).
  2. A felhasználóknak a tárhely használattal arányos díjat kell fizetniük félévente.
  3. Alapelv, hogy az admin node-on nem indítunk job-ot (kivéve az Szolgáltató Labor szekvenálási feladatok), de az adamásolás külső forrásból engedélyezett (mivel a többi node-nak nincs internetkapcsolata).
    Ha a többi node nem elérhető,  vagy futtatás nem indul el stb., akkor ezt emailban jelezni kell a rendszergazdának. 
  4. Minden vélhetően több mint egy óráig futó job-ot az ütemező rendszeren (PBS) keresztül vagy egy node-ba bejelentkezve kell indítani.
    Amennyiben a rendszergazda olyan, nem PBS-es job-ot lát az admin node-on, ami már több mint két órája fut, azt minden előzetes értesítés nélkül leállíthatja.
  5. A nagy (50 GB feletti) memóriaigényű futtatásokat a n008 és n009 fatnode-okon érdemes elvégezni, egyéb esetekben a normál számítási node-ok (n001-n006) is használhatóak.
  6. Általában a core-ok max. 50-60%-t ajánlott lekötni egy job-hoz. Egy adott node aktuális terheltségéről a pbsnodes –a paranccsal kérhető információ. 
  7. A következő parancsot használva le lehet kérdezni az összes node terheltségét:
    nodes_get_load.sh
    A parancs az admin node-ról adható ki, a pbs-el keresztül kérdezi le.
    pl. Average load of nodes: n001 0.1, n002 0.00, (…)
  8. Ha a felhasználó hosszabb (több mint egy napos) és több erőforrást (több node-ot) érintő jobot akar indítani, jeleznie kell, hogy melyik gépen indította, hány core-t használ, és előreláthatólag mennyi ideig fog futni. Kérjük lehetőleg legfeljebb 3-4 node-ot vegyenek igénybe az ilyen hosszú futásokhoz.
  9. Az ideglenes fájlok (főleg a helyi diszkeken) azonnal törlendőek. A nem feltétlenül szükséges vagy könnyen újragenerálható fájlokat is el kell távolítani.
  10. A home könyvtárak méretét 20 GB-ban maximáljuk.
  11. A munkát kérjük ne a home könyvtárakban, hanem a working_groups folderekben végezzék.
  12. A HPC klaszteren lévő programok és genomok /data10 partíción találhatóak. Amennyiben új program telepítésére lenne szükség, akkor azt jelezni kell. Az alapelv szerint programokat/genomokat kb. félévente frissítjük.